Ich bekomme das Gefühl nicht los, dass die Kleine irgendeine "Nervenkrankheit" hat - wurde in die Richtung schon untersucht? Ich muss dazu sagen, dass ich mir das ganz schön heftig vorstelle mit dem Gekratze nach deiner Beschreibung, oder liege ich da falsch?
Hast du denn das Gefühl sie kratzt sich, weil sie Schmerzen hat - oder weil's halt sozusagen ein bisschen juckt?
Ich will dir bestimmt keine Angst machen und ich "hoffe" wirklich, dass es irgendeine Hautgeschichte ist, aber wenn sie z.B. einen Syrinx im Rückenmark hat, kann man lange BTs machen und Hautproben nehmen. Die Schmerzen der Syringomyelie werden durch die Störungen des Syrinx im Rückenmark verursacht - also durch "Fehlübermittlungen" ohne Reiz, Grund, Ursache. Hunde kratzen dann "unspezifisch" und natürlich lässt der Schmerz dadurch nicht nach. Schmerzmittel kann man auch so gut wie vergessen bei der Krankheit, auch Akupunktur usw. - allgemein darf man meiner Meinung nach nicht zögern bei der Diagnose. Ich glaube die bekommt man mittels Kernspin.
Aber ich will den Teufel nicht an die Wand malen - nur vielleicht sollte man auch mal in die Richtung Überlegungen anstellen...?

Bei angehender schwerer Syringomyelie gibt es scheinbar so ein paar "Zeichen" - mit dem Hinterlauf ins leere Kratzen, Kopf ständig schief halten usw.

Ursache für die SM kann eine sog. "Chiari-ähnliche Missbildung" sein - kommt bei den brachycephal deformierten Rassen gerne vor..."Hirn zu groß für Schädel".

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"Never underestimate the power of stupid people in large numbers."
Homer Simpson

Es hat mich auch an Neurodermitis erinnert, da wird kratzen zum Übersprungs-Reflex, das heißt, immer, wenn man frustriert, gestresst, müde (sobald du müde wirst, wird das Jucken unerträglich, je müder, desto stärker, es gibt sogar schon medizinische "Backhandschuhe" mit Plastikplatten in die Fingerkuppenregion eingenäht) oder einfach unsicher ist, fängt man an sich zu kratzen.
Oft merkt der Betroffene selbst nicht, dass er sich gerade kratzt.
Neurodermitis kann auch von vielen Nebenfaktoren ausgelöst werden.
Plötzliche Temperaturschwankungen, beispielsweise der Übergang vom verschneiten Wald ins beheizte Haus, am besten noch verbunden mit Abspülen des Matsches mit warmen (Seifen-) Wasser.
Zu starkes Heizen schädigt das Immunsystem, dreht die Heizung erst ab 0°C an und lasst sie unter Stufe 2 (von 5).
Stellt den Wasserhahn immer auf "Neutral", also die Mitte, wenn ihr fertig duschen seid, so dass das Wasser sich temperaturmäßig nicht stark von der Außentemperatur untzerscheidet.
Seife bitte nur verwenden, wenn der Hund sich in der dicksten Sch... gewälzt hat, und dann auch nur eine ca. haselnussgroße Portion, für normalen Erdmatsch reicht klares Wasser.
Worin lagern die Futterstoffe? Eingeschweißt in Plastik? In Jutesäcken?
Das sind auch zwei große Allergieauslöser.
Besorge dir frostfeste Glas-/Edelstahlbehältnisse, spüle das Fleisch kurz ab und friere es darin portionsgerecht ein, das heißt auch nur noch kleinere Mengen aufeinmal bestellen, für die Kartoffeln reicht das Umlagern in Behältnisse aus Glas/Keramik/Edelstahl.
Ach ja: Und such' dir einen anderen Tierartzt, noch inaktives Drüsengewebe auf Verdacht herausnehmen wollen geht gar nicht, das bringt dir die schönsten Wachstums- und Wesensstörungen, weil die Hormone eben jener Keimdrüsen bei der Entwicklung imens wichtig sind.

Edit: Cortison ist eine Kurzzeitlösung, in Langzeitbehandlung zerschlägt es dir das Immunsystem fast komplett.
Das heißt unter anderem: Wassersucht bzw. aufgeschwemmter Rumpf und dürre Beinchen, Papierhaut und leichte bis schwere Gerinnungstörung (jeder Dorn im Fuß kann der Letzte sein).
Versuche es mit Linolsäurecreme und zufüttern von Vitamin B haltigen Lebensmitteln.

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My line of thoughts about dogs is analogous. A dog reflects the family life. Whoever saw a frisky dog in a gloomy family, or a sad dog in a happy one? Snarling people have snarling dogs, dangerous people have dangerous ones. And their passing moods may reflect the passing moods of others.~ Sherlock Holmes in "The Creeping Man" (Deutscher Titel: "Der Mann mit dem geduckten Gang) von Sir Arthur Conan Doyle